A sorozat (akkor még úgy tűnt, hogy) záróepizódjának eseményei nagyrészt a második rész utolsó (Bourne és Landis telefonon beszélnek New Yorkban) és utolsó előtti (Bourne Moszkvában bocsánatot kér első áldozatainak lányától) jelenete között játszódnak. A CIA-n belül rohadt nagy az igyekezet, hogy valamiképp titokban tartsák a nem túl kedves programot (Fekete Rózsa), ami voltaképpen létrehozta Bourne-t és a hozzá hasonló vérprofi orvgyilkosokat. Már csak azt nem érti a mezei néző, ha az egész projekt ennyire kínos az azt irányító gonosz faszoknak, akkor miért őrizgetnek róla feljegyzéseket egy széfben, ahelyett, hogy simán elégetnék a vérbe.
A lényeg, hogy Bourne sikeresen dobbant Moszkvából, de persze nem szállnak le róla, mert ő az egyetlen élő kapocs, aki bebizonyíthatja, micsoda piszkos üzelmek zajlanak a CIA háza táján (illetve él még egy másik fószer, de nem sokáig, mert Bourne ellátogat a lakására). Miután keresztül verekszi magát szokás szerint a fél világon, eljutunk végre a Landis-sal (a kevés becsületes CIA-s egyikével) folytatott telefonbeszélgetéshez, amit Bourne a szemközti épületről figyel. Amint ez kiderül, az egész CIA felbolydult méhkasra emlékeztet, jól el is csal mindenkit az épületből, hogy távollétükben minden terhelőt kirámoljon a széfből, és elmenjen kiképzésének helyére, ahol egy orvossal találkozik, akitől megtudja, hogy önként jelentkezett a hazája megvédésre, és ezért aztán gyilkológépet csináltak belőle. A végén már majdnem leszedné egy másik hasonlóan képzett embergép, de mivel Bourne egy korábbi jelenetben nem lőtte rommá, ezért most ő is futni (úszni) hagyja őt. Az eltulajdonított doksik Landis hátizsákjában végzik, onnan meg fax repíti őket az újságok címlapjára, így lebukik az egész ármánykodó bagázs.
(U.i.: Kiderül, hogy Nicki, az egyik csaj, aki a programon dolgozott, anno kavart Bourne-nal, de ez jól láthatóan senkit nem érdekel, úgyhogy ez a szál elvarratlan marad.)